Инициатором создания и владельцем футбольного клуба «Краснодар» является известный российский бизнесмен Сергей Николаевич Галицкий. В феврале 2008 года ФК «Краснодар» успешно прошел процедуру лицензирования в ПФЛ, получил профессиональный статус и стартовал в зоне «Юг» второго дивизиона. Росгосстрах первенства России.
Для работы с командой был приглашен 38-летний московский специалист Владимир Волчек. Под его руководством «Краснодар», основу которого составляли молодые игроки, завершил первый круг на 5-м месте, набрав 30 очков.
В августе руководство клуба решило расторгнуть контракт с Волчеком. На тренерском мостике клуба его сменил тандем, состоящий из спортивного директора Сергея Вахрушева и начальника команды Нурбия Хакунова. Последний стал параллельно исполнять обязанности главного тренера ФК «Краснодар».
Во время летнего трансферного окна клуб укрепил состав несколькими футболистами, и под руководством обновленного тренерского штаба вышел на новый качественный уровень игры. Мощный финишный рывок (9 побед в 10-ти последних матчах) позволил «Краснодару» обойти волгоградскую «Олимпию» и завершить турнир на третьем месте.
Таким образом, в свой дебютный сезон команда завоевала свои первые в истории награды - бронзовые. Кроме того, ФК «Краснодар» разделил первое место по количеству очков, набранных на выезде (34), с победителем турнира в зоне «Юг» - астраханским «Волгарем-Газпромом».
В январе 2009 года ряд клубов отказался от участия в турнире первого дивизиона по финансовым причинам. ФК «Краснодар», как коллектив, занявший призовое место в одной из зон второго дивизиона, получил от ПФЛ предложение занять вакантное место и принял его. Клуб прошел аттестацию с первой попытки и был допущен к участию в соревнованиях в первом российском дивизионе.
В первом дивизионе молодой клуб не затерялся. По ходу сезона-2009 «горожане» демонстрировали содержательный футбол. Обыграв в последнем туре претендовавшую на выход в премьер-лигу владикавказскую «Аланию» со счетом 5:1, «Краснодар» замкнул первую десятку.
В декабре-2009 года на пост главного тренера ФК «Краснодар» был приглашен Сергей Ташуев. С приходом этого специалиста руководство клуба связывает надежды на продолжение прогресса команды и успешное выступление в сезоне-2010.
С первого дня своего основания клуб активно занимается созданием инфраструктуры, которая станет базисом для дальнейшего развития. 5 мая 2008 года футболисты «Краснодара» въехали на учебно-тренировочную базу «Четук», где созданы все условия для полноценного тренировочного процесса и проживания. Осенью 2009 года строительство всех зданий и сооружений базы было полностью завершено. В настоящее время УТБ «Четук» является одной из лучших футбольных баз не только в стране, но и в Восточной Европе.
В апреле 2008 года при ФК «Краснодар» открылся Центр подготовки резерва, в котором на данный момент под руководством квалифицированных специалистов занимаются более 180-ти мальчишек восьми возрастов из всех уголков Краснодарского края и других регионов нашей страны. Четыре старших команды ЦПР живут, учатся и тренируются в режиме интерната. Два воспитанника Центра 1995 года рождения - Максим Серегин и Максим Молоканов - являются игроками национальной сборной России своего возраста.
Осенью 2009 года ФК «Краснодар» завершил строительство собственного крытого манежа - воздухоопорного футбольного комплекса с синтетическим покрытием новейшего поколения. В нем воспитанники ЦПР могут тренироваться и проводить игры круглый год, не завися от погодных условий.
В ближайших планах клуба - строительство собственного современного футбольного стадиона, который будет отвечать всем международным стандартам, а также городка юношеской академии, с жилыми коттеджами для воспитанников, крытым спорткомплексом и несколькими травяными и искусственными полями.
Итоговое место - 10-е.
Дома: 19 игр, 9 побед, 4 ничьих, 6 поражений, разница мячей 30-21, 21 очко.
На выезде: 5 игр, 6 побед, 8 ничьих, 3 поражения, разница мячей 20-26, 31 очко.
Всего: 38 игры, 14 побед, 10 ничьих,14 поражений, разница мячей 50-47, 52 очка.
Первый официальный матч, первое набранное очко и первый гол в первом дивизионе:
28 марта 2009 года. Ярославль. Стадион «Шинник», «Шинник» (Ярославль) - «Краснодар» - 1:1 (1:1).
Гол: 25 минута, Максим Деменко (1:1).
Первая победа в первом дивизионе:
22 апреля 2009 года, Новороссийск. Стадион «Центральный». 6 тур. «Черноморец» - «Краснодар» - 1:2 (1:1).
Самая крупная победа в первом дивизионе:
4 ноября 2009 года, Краснодар. Стадион «Кубань». «Краснодар» - «Алания» (Владикавказ) - 5:1 (3:1).
100-й гол в первенстве России:
14 октября 2009 года. Краснодар. Стадион «Кубань». «Краснодар» - «Луч-Энергия» (Хабаровск) - 3:1 (1:0). Александр Олейник, 53 минута (3:0).
Лучший бомбардир клуба в сезоне - Андрей Михеев (8 голов).
Больше всего игр в сезоне-2009 провели 5 футболистов: Денис Пчелинцев, Сергей Мирошниченко, Евгений Калешин, Александр Олейник, Андрей Михеев - по 37 матчей.
Итоговое место - 3-е.
Дома: 17 игр, 12 побед, 2 ничьих, 3 поражения, разница мячей 36-12, 38 очков.
На выезде: 17 игр, 10 побед, 4 ничьих, 3 поражения, разница мячей 24-11, 34 очка.
Всего: 34 игры, 22 победы, 6 ничьих, 6 поражений, разница мячей 60-23, 72 очка.
Первый официальный матч и первое набранное очко:
12 апреля 2008 года. г. Таганрог. Стадион «Торпедо», «НИКА» (Красный Сулин) - «Краснодар» - 0:0 (0:0).
Первая победа в официальном матче:
16 апреля 2008 года, Сочи, стадион «ФГУП Юг-Спорт». Кубок России 2008-2009 гг. 1/512 финала. «Жемчужина-Сочи» - «Краснодар» - 0:1 (0:0).
Первая крупная победа в официальном матче:
19 апреля 2008 года, Краснодар, стадион «Труд». «Краснодар» - «Автодор» (Владикавказ) - 3:0 (1:0).
Самая крупная победа в официальном матче:
10 июля 2008 года, Краснодар, стадион «Труд», «Краснодар» - «Сочи-04» - 5:0 (5:0).
Первый гол в официальных матчах:
16 апреля 2008 года, Сочи, стадион «ФГУП Юг-Спорт». Кубок России 2008-2009 гг. 1/512 финала. «Жемчужина-Сочи» - «Краснодар» - 0:1 (0:0). Денис Дорожкин, 66 минута.
Первый дубль в официальных матчах:
19 апреля 2008 года, Краснодар, стадион «Труд». «Краснодар» - «Автодор» (Владикавказ) - 3:0 (1:0). Денис Дорожкин, 48 и 71 минуты.
Первый хет-трик в официальных матчах:
30 апреля 2008 года, Краснодар, стадион «Труд», «Краснодар» - «Астрахань» - 5:1 (2:0). Андрей Гацко - 17, 55 и 65 минуты. Еще одним хет-триком отметился 3 июня в Каспийске Артем Куликов в матче «Дагдизель» - «Краснодар» - 0:3.
50-й гол в официальных матчах:
16 сентября 2008 года, Таганрог, стадион «Торпедо». «Таганрог» - «Краснодар» - 0:2 (0:0). Александр Нечаев, 38 минута.
Лучший бомбардир клуба в сезоне - Денис Дорожкин (14 голов).
Больше всего игр в сезоне-2008 провел Андрей Гуськов - 37.
| Команда | И | В | Н | П | О | |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | "Кубань" Краснодар |
26 | 17 | 5 | 4 | 56 |
| 2 | "Волга" Нижний Новгород | 27 | 13 | 10 | 4 | 49 |
| 3 | "Урал" Свердловская область, г.Екатеринбург | 27 | 13 | 10 | 4 | 49 |
| 4 | "Нижний Новгород" Нижний Новгород | 27 | 15 | 3 | 9 | 48 |
| 5 | "Краснодар" Краснодар | 26 | 13 | 7 | 6 | 46 |
| 6 | "Камаз"Набережные Челны | 27 | 13 | 6 | 8 | 45 |
| 7 | "Жемчужина-Сочи" Сочи | 26 | 12 | 7 | 7 | 43 |
| 8 | "Мордовия" Саранск | 27 | 11 | 6 | 10 | 39 |
| 9 | "Шинник" Ярославль | 26 | 11 | 5 | 10 | 38 |
| 10 | "Химки" Химки | 26 | 9 | 10 | 7 | 37 |
| 11 | "Волгарь-Газпром" Астрахань | 27 | 10 | 6 | 11 | 36 |
| 12 | "Луч-Энергия" Владивосток | 26 | 8 | 9 | 9 | 33 |
| 13 | "Балтика" Калининград | 27 | 8 | 9 | 10 | 33 |
| 14 | "СКА-Энергия" Хабаровск | 26 | 7 | 8 | 11 | 29 |
| 15 | "Динамо" Санкт-Петербург | 27 | 7 | 7 | 13 | 28 |
| 16 | "Ротор" Волгоград | 27 | 7 | 6 | 14 | 27 |
| 17 | "Салют" Белгород | 27 | 5 | 10 | 12 | 25 |
| 18 | "Динамо" Брянск | 26 | 5 | 8 | 13 | 23 |
| 19 | "Авангард" Курск | 27 | 6 | 4 | 17 | 22 |
| 20 | "Иртыш" Омск | 27 | 5 | 6 | 16 | 21 |