В мае 2023 года бюро исполкома РФС утвердило реформу Второй лиги. С сезона 2023/24 первенство разделилось на два дивизиона с делением на группы. Общее число участников – 60 клубов. «Краснодар-2» выступит в группе «Золото» дивизиона «А».
В группе соперниками второй команды «быков» станут 10 соперников: «Велес» (Москва), «Волга» (Ульяновск), «Уфа», «Иртыш» (Омск), «Динамо» (Брянск), «Муром», «Чайка» (Песчанокопское), «Ротор» (Волгоград) и «Спартак» (Кострома). 21 июня прошла жеребьёвка, в ходе которой стал известен предварительный календарь на сезон.
«Краснодар-2» начнёт выступления в новом для себя турнире выездной встречей в Брянске на поле местного «Динамо». Игра пройдёт 16 июля. Полное расписание первого этапа соревнований будет опубликовано после его утверждения президиумом ФНЛ и исполнительным комитетом РФС.